Frei jugó en la Superliga de Suiza desde su debut profesional en 1997 hasta 2003.

Proveyó una asistencia y anotó en el último minuto, dándole la victoria a su equipo.

[3]​ Renunció a este puesto en noviembre de 2021 y en diciembre firmó como entrenador del FC Winterthur.

Aunque la acción no fue tomada al momento, Frei recibió después una sanción de 15 días por la UEFA.

Anotó dos goles en el Mundial de 2006, uno ante Togo y otro polémico ante Corea del Sur.

En su 59.º partido con la selección, el 30 de mayo de 2008 contra Liechtenstein, Alexander Frei consiguió batir el récord del hasta ahora detentor Kubilay Türkyilmaz, que había marcado 34 goles para Suiza.