La asociación se convirtió en campeona suiza tres veces en su historia (1906, 1908 y 1916/17).

En su último apogeo jugó dos finales de copa de liga (1972, 1973) y dos finales de copa (1968: derrota ante el FC Lugano 1:2, 1975: derrota ante el FC Basilea 1:2 n.

El FCW también participó cinco veces en la Copa Intertoto de la UEFA entre 1970 y 1975.

El FC Winterthur es el líder de la tabla histórica de la Liga Nacional B, la cual, sin embargo, ha sido descontinuada desde que fue rebautizada como Challenge League en 2003.

Ognjen Zarić Dario Zuffi Fabian Raue