Luego de varias victorias, hizo su debut como profesional en el año 2001 con el equipo Lampre-Daikin.

Los dos primeros años fueron de dificultad para la adaptación, ya que el ciclismo profesional se diferencia mucho del amateur.

Cuatro victorias más hicieron que firmara un nuevo contrato con Lampre y el equipo lo colocó como el primer sprinter para la temporada 2004.

En el Giro de Italia sufrió una fuerte caída en la penúltima etapa por la cual debió ser hospitalizado.

Para 2008 el equipo pasó a llamarse Saunier Duval-Scott y en febrero, Pagliarini venció en una etapa del Tour de California.

El segundo patrocinador (Scott, fabricante de bicicletas) decidió quedarse en el equipo y un nuevo patrocinador (American Beef) le dieron el nuevo nombre al equipo, Scott American Beef.

A mediados de año el equipo tuvo problemas económicos y Pagliarini denunció públicamente el hecho.