Sin embargo él sigue muy activo en "La Brigada de la Vida y la Muerte", una sociedad secreta.
Ella sospecha esto porque encontró información sobre que el abuelo de Logan había pertenecido a esta sociedad secreta.
Ella decide investigar esto para que sea un reportaje para el Yale Daily News.
Mientras pasaban los días Rory se daba cuenta de que sentía algo por Logan.
Esto convence a Rory para que se mude con sus abuelos y deje Yale.
Por supuesto, a Rory no le parece la reacción de Logan, por lo que terminan en una discusión.
Pero Rory no puede dejar de pensar en el daño que Logan le ha causado.
Por esto Logan, viendo que se le agotaban las posibilidades de regresar con Rory, decide ir hablar con Lorelai.
Después de esto Rory lo perdona, porque lo ama, y se muda con él, después de que Paris la echase del departamento en donde vivían, puesto que, debido a los problemas que ocasionó Paris, y la ayuda de Rory para salvar el Daily News, eligieron a esta última como la nueva redactora jefe.
Saltando de un paracaídas, éste no pudo abrirse por lo que, en la caída, Logan sufre un problema en un pulmón, varias fracturas en las costillas y algunas lesiones extensas.
Logan cuando vio este capítulo dijo "Eso es amor verdadero"... Con esto Rory se entusiasma y llama Logan inmediatamente, y él le dice que ya tiene los boletos para que vaya a visitarlo en invierno.
Al final de la serie Logan le pide matrimonio a Rory en la cena de su grado organizada por sus abuelos y le pide que se mude con ella a San Francisco.
Ella se muestra confundida y no le da una respuesta en el momento.