El llenado del embalse hidráulico es un momento crítico en la vida útil de este, y tiene que ser afrontado en una forma planificada.
Los aspectos que deben considerarse en la planificación de la operación de llenado son: Limpieza del terreno que ha de ser inundado; Debe considerarse que la vegetación existente en el valle que ha de ser inundado morirá, se descompondrá y por lo tanto generará una demanda bioquímica de oxígeno (DBO) muy elevada, lo que podría perjudicar la calidad del agua del embalse por varios años.
Si la población local es escasa, este servicio deberá ser contratado, y debe formar parte de los costos de implementación del embalse.
Esta actividad puede requerir una preparación de varios meses y hasta años, por lo tanto debe iniciarse oportunamente para que el llenado del embalse no se vea retrasado por esta actividad.
Se define como caudal ecológico: El agua necesaria para preservar valores ecológicos como; En el momento del cierre del desvío provisional del río, el flujo aguas debajo de la presa debe mantenerse, garantizando el caudal ecológico durante todo el periodo de llenado del embalse que puede durar varios meses.