Tras la muerte de Juan (1621), el niño fue retirado por los Médici, que lo llevaron a Florencia.

Se mantuvo como una mujer de reputación dudosa lejos del palacio: primero en la Villa Le Macine, en Montughi, donde dio a luz a una segunda hija, Giovanna María Magdalena (6 de noviembre de 1621), quien murió veinte días más tarde.

Los Médici hicieron anular el matrimonio con Juan, a fin de evitar cualquier reclamo dinástico.

Gianfrancesco se convirtió en ilegítimo, pero la familia gran ducal le concedió un salario anual.

Tras la protesta de Livia fue encarcelada primero, luego fue encerrada en un convento donde pudo salir solo en 1639.