Hernández desertó de Cuba para ir a los Estados Unidos en 1995, jugando para los equipos Florida Marlins (1996-1999), San Francisco Giants (1999-2002), Montreal Expos (2003–2004), Washington Nationals (2005-2006), Arizona Diamondbacks (2006-2007), Minnesota Twins y Colorado Rockies (2008).
Habiendo sido seleccionado al Juego de Estrellas en dos ocasiones, Hernández es conocido como un gran pitcher defensivo, habiendo hecho solo 11 errores en su carrera profesional.
Es descrito como un "caballo de trabajo"; hace muchos lanzamientos, lanza en muchos innings y comienza todos los juegos necesarios para proveerle a todo el bullpen el descanso necesario.
En 2005, hizo 150 lanzamientos en nueve innings, aunque el partido de fue a extra innings después de que salió relevado del partido.
Hernández también es un bateador peligroso, ganando el premio Silver Slugger en la posición de pitcher en 2004.
Pero en sus últimos cinco partidos con los Nationals, tuvo un promedio de 3,27 con cuatro bases por bolas y 23 strikeouts.