Ambas especies están actualmente asignadas a Crocodylomorpha, una está reasignada al género Lusitanisuchus.
Seiffert, (1970, 1973), describió a Lisboasaurus como un género de lepidosaurio anguimorfo que comprende dos especies, L. estesi y L. mitracostatus.
También pusieron en duda la identificación del L. mistracostatus, que está peor conservado, considerándolo un nomen dubium.
revisaron esta atribución demostrando que el material referido a L. estesi estaba estrechamente relacionado con un crocodilomorfo del Cretácico Inferior (LH 7991) de Las Hoyas, España.
Los nuevos datos extraídos del dentario hacen más seguro que Lisboasaurus era un crocodilomorfo neosuquio.