El tirón producido a caballo de los años veinte y treinta parece surtir efecto y en 1931 la ciudad cuenta con nuevas sociedades como el Unión Sporting Linares, el Nacional F.C.
El Linares Deportivo competirá hasta la llegada de la Guerra Civil bajo la disciplina de la Federación Regional del Sur, escalando categorías hasta alcanzar en la temporada 34/35 la Primera Categoría consiguiendo hacerse un hueco entre los grandes clubs de la región.
Pasado el desastre bélico el Linares Deportivo se reorganiza en 1940 con Luís Pijuán en la presidencia y reemprende su camino deportivo militando en Primera Categoría -su categoría anterior-, tras la remodelación de las divisiones territoriales hasta que en 1943, a instancias del Gobierno que anda especialmente interesado en reflotar la Tercera División para dar alojamiento a clubs modestos de capitales y poblaciones importantes, amén de sociedades de primer orden que no atraviesan su mejor momento, les invita a participar en el curso de la inminente temporada 43/44, la primera de la época moderna.
El Linares Deportivo debuta en Tercera División durante la campaña 43/44 siendo octavo mientras en la 44/45 es noveno, puesto que repite en la edición 45/46 coincidiendo con una gran crisis económica fruto de sus repetidos excesos en costosísimos fichajes que le impiden seguir compitiendo.
Dado de baja en la Federación Regional del Sur, su plaza es ocupada por el Atlético de Linares, sociedad constituida en 1943 con misma sede social y colores que el Linares Deportivo.