La Liga de Campeones de la EHF 2006-07 es la 47.ª edición de la competición.
Comenzó el 1 de septiembre de 2006 con la disputa de las distintas eliminatorias previas y concluyó el 29 de abril de 2007.
En la final de la misma el THW Kiel derrotó por un global de 57-55 al SG Flensburg-Handewitt tras empatar en el partido de ida disputado en Flensburg a 28 goles y venciendo en el Sparkassen-Arena de Kiel por 29-27, proclamándose de esta manera campeón de Europa por primera vez en su historia.
Fuente: Fuente: Fuente: Fuente: Fuente: Fuente: Fuente: Fuente: Los principales goleadores de la EHF Champions League 2006–07 fueron: