La liga comienza con el Clasificatorio, donde cada equipo deberá jugar contra todos sus rivales dos veces, una oficiando de local en su cancha y otra de visitante.

Terminada esta fase, pasarán a la próxima ronda los ocho primeros equipos, los dos últimos equipos de la tabla pertenecientes a Montevideo y uno del interior si se encuentra entre los últimos tres, descenderán de categoría para jugar el Torneo Metropolitano 2007, en el caso de los equipos de Montevideo mientras que el del interior volverá al Torneo Regional.

Tras esta etapa quedaron ocho clasificados, tres eliminados (que estarán en la Liga 2007-08) y tres descensos, los de Tabaré, Goes y Anastasia.

El partido fue suspendido a causa de que los jugadores de Biguá comenzaron a protestarles a los jueces una falta que no fue sancionada, lo cual podría haber terminado en el triunfo de Biguá.

[3]​ Finalmente al otro día se reunió el Tribunal de Penas y entre otras resoulciones acordadas, como suspensiones a jugadores de Biguá, cierre de cancha para ambos equipos se resolvió que Malvín sería el campeón de la Liga Uruguaya 2006-07.