Los 16 equipos jugaron un torneo de todos contra todos, por lo que cada equipo jugó frente a los rivales dos veces, una como local y otra como visitante.

Los equipos que hayan concluido en las posiciones 15 y 16 descendieron automáticamente a la FNL, mientras que los dos mejores equipos de la FNL consiguieron el ascenso.

Por otra parte, los clubes de FNL situados en tercera y cuarta posición se enfrentaron a los clasificados en posición 13 y 14 de Liga Premier en los partidos de ida y vuelta de la promoción para obtener una plaza para la temporada 2022-23.

Después de la temporada 2020-21, el Tambov y el Rotor Volgograd descendieron a la Liga Nacional de Fútbol 2021-22.

Fueron reemplazados por los dos primeros clubes de la Liga Nacional de Fútbol 2020-21, el Krylia Sovetov Samara que regresó después de una temporada a la Liga Premier y el Nizhni Nóvgorod que debutó en la máxima división del fútbol ruso.