En esta temporada se dio la baja de Deportivo Madryn,[1]​ equipo que vendió su plaza a la liga, y la cual más tarde adquirió el equipo nicoleño de Belgrano,[2]​ institución que había descendido en la pasada temporada.

Los primeros tres de cada grupo, el mejor cuarto y un equipo "invitado" clasifican al Torneo Súper 8 2007.

Al igual que en la primera fase, cada victoria otorgará 2 puntos y cada derrota 1.

[12]​ El Torneo Súper 8 de esta temporada se disputó en el Polideportivo Islas Malvinas, en Mar del Plata.

[13]​ 2: Ante igualdad de puntos y para determinar el descenso se tuvieron en cuenta los resultados entre los equipos en cuestión.