El club se fundó en 1943 como FC Oosterzonen Oosterwijk en Oosterwijk (barrio de Westerlo) y comenzó a jugar en categorías provinciales belgas donde se mantuvo entre varias divisiones, casi siempre en el nivel sexto o séptimo de la pirámide del fútbol belga.

En 2007, 2008 y 2009, el club consiguió ganar su división tres años seguidos para subir por primera vez en su historia a categoría nacional.

Así el club daba un paso importante en el desarrollo de la cantera por la que el antiguo Lierse SK era tan reconocido.

La temporada 2019/2020 se detuvo 6 jornadas antes del final de la competición debido al estallido de la crisis del coronavirus y la clasificación se tomó como final, Lierse Kempenzonen terminó 13°, evitando por poco el descenso a la Segunda División Aficionada.

Lierse Kempenzonen resultó ser el único equipo de Primera División Aficionada que logró obtener una licencia profesional para la temporada 2020/2021 y, por lo tanto, se le permitió, a pesar de quedar 13.º en la temporada anterior, ascender a Segunda División.