Más tarde dirigió Braga, Olympiacos y Sporting de Lisboa.

En 2001, sólo con 27 años de edad, comenzó su carrera como entrenador, actuando como asistente en el AD Camacha durante dos temporadas.

En el verano de 2009, fue nombrado en el SC Beira-Mar,[1]​ logrando un nuevo ascenso, esta vez a la Primera División.

Pese a estos buenos resultados, abandonó la entidad después de un desencuentro con el presidente del club.

Según los medios locales, el divorcio entre Jardim y el presidente Antonio Salvador viene de discrepancias por la política deportiva a seguir y se agravó en una entrevista reciente del técnico luso en la que aseguraba que su relación con el dirigente era "esencialmente profesional".

[8]​ Cabe destacar que el equipo heleno, dirigido durante media temporada por Jardim, terminaría el curso ganando el doblete (Liga y Copa).

El Mónaco tampoco puede mantener el nivel mostrado la temporada anterior en la Ligue 1, donde navega por la zona templada de la clasificación en las primeras jornadas.

[21]​ Aunque la situación en el campeonato doméstico fue mejorando poco a poco, terminando la primera vuelta como 2.º clasificado,[22]​ el equipo del Principado no pudo superar la fase de grupos de la Liga Europa.

[23]​ En la segunda vuelta, el equipo perdió la 2.ª posición ante el Olympique de Lyon, pero al menos retuvo la 3.ª que ya había ocupado el año anterior.

[26]​ A diferencia de temporadas anteriores, esta vez el conjunto del Principado mostró su faceta más ofensiva basándose en un juego de rápidas transiciones y desbordes por las bandas,[27]​ contabilizando 36 goles a favor en 12 partidos del torneo doméstico, mejor marca histórica desde 1969.

[32]​ Finalmente, cerró la temporada con la conquista de la Ligue 1, un título que el conjunto monegasco no ganaba desde el año 2000, poniendo fin a la hegemonía del París Saint-Germain, campeón de las 4 últimas ediciones.