Tras el Mundial de Corea y Japón 2002, se pasó al profesionalismo en el Ulsan Hyundai Horang-i en una temporada en la que el equipo dominó la K-League, y gracias a la cual fue nombrado por la Confederación Asiática mejor jugador joven del año del continente.

Tras una temporada mediocre, Lee fue cedido al CD Numancia, antes de regresar al Ulsan Hyundai Horang-i sin haber logrado marcar un solo gol en la liga española.

Su palmarés incluye una Copa de Países Bajos, dos Ligas Coreanas, dos Copas de Corea y una Supercopa coreana.

Tras su etapa como jugador ha sido entrenador en Incheon United entre 2019 y 2020, tarea que ha compaginado con múltiples apariciones en televisión como comentarista deportivo o en programas de entretenimiento.

[1]​ Ha sido internacional con la Selección de fútbol de Corea del Sur; ha jugado 78 partidos internacionales y ha anotado 10 goles.