En 1899, cursando ya el cuarto año de su carrera universitaria, decide regresar al país al lado del General Benjamín Herrera, para enrolarse en el ejército liberal y dar inicio a la Guerra de los Mil Días.

Allí continúa ejerciendo la política durante muchos años y se convierte en Senador de la República.

En la Convención Liberal de Apulo, en 1929, es elegido jefe del Partido Liberal de Colombia, en un triunvirato que completan el también General Antonio Samper Uribe y el destacado empresario y periodista Alfonso López Pumarejo.

El general Cuberos Niño se casó con la dama venezolana doña Laura Giusti Rivas.

Del matrimonio nacieron cinco hijos: Laura, Beatriz, Leandro, Ana y Jorge Cuberos Giusti.