La laguna vive una degradación gradual desde 1994 pero aún mantiene riqueza de flora y fauna.La Laguna de Sayula es un humedal con clasificación Ramsar (sitio de importancia internacional para la conservación de aves), los humedales son ecosistemas donde el agua es el principal factor controlador del medio, la vida vegetal y animal asociada a él.Le siguen otras plantas bajas que rodean toda la laguna.El bosque tropical caducifolio se ubica en las partes altas que rodean a la laguna y en las islas de esta.Durante la época prehispánica, en la Laguna se desarrollaron varios pueblos.
