Dicho personaje, dotado con un amplio conocimiento general, articula la historia y la hace verosímil.

Pero el huracán no les permite bajar y quedan suspendidos por cinco días en el cielo, hasta que el globo se queda sin aire y caen en la playa de un islote, muy cercano a una isla más grande.

Logran reanimarlo y lo llevan a su refugio provisional, conocido como Las Chimeneas.

El grupo da nombre a los lugares importantes y al monte.

Smith descubre que el agua del lago Grant desemboca bajo tierra, y allí hay una cueva muy grande, la que pasa a ser su hogar, al cual llamarán Palacio de Granito.

En 1866, Pencroff decide construir un barco que les sirva para abandonar la isla.

Pero antes descubren una bala en el cuerpo de un cochinillo, y creen que alguien más está residiendo en la isla.

No encuentran a nadie, pero al regresar por la noche no pueden cruzar el río de la Merced, al carecer de balsa, pero en ese momento aparece una canoa flotando junto a ellos.

Luego, al regresar, ven que el Palacio de Granito ha sido invadido por monos.

Logran expulsarlos y Pencroff se queda con uno, al que llama Jup.

En su viaje inaugural, Harbert descubre una botella que contiene una nota escrita por un náufrago, el cual vive en la isla de Tabor.

Junto a Harbert y Gédéon Spillet, descubren que el náufrago se halla en estado salvaje, y con lástima lo llevan a la isla de Lincoln.

Cyrus Smith decide devolverle el uso de la razón y lo deja reposar.

Allí no hay más que polvo y rocas ígneas.

Ayrton va al camarín de la pólvora e intenta volar el buque, pero el mismo Harvey lo detiene.

El Palacio de Granito es descubierto, y los colonos habrían de morir con los cañonazos del barco, pero una explosión interna en el buque Speedy acaba con la amenaza.

Smith y sus amigos descubren, más tarde, que la explosión ha sido provocada por un torpedo enviado por una poderosa máquina.

Sólo han quedado seis piratas sobrevivientes, que vagan por la isla.

Pencroff prepara a toda prisa un barco más grande que el anterior, como precaución ante un futuro peligro.

Cyrus y sus compañeros acuden a todo correr, olvidando el sueño.

En una cueva bajo el volcán, en su prodigioso Nautilus, se encuentra el capitán Nemo, desde donde socorre a los colonos.

Sintiendo próxima la hora de su muerte, les revela su gran secreto.

Se llevan con ellos las joyas que el Capitán Nemo les había regalado, y así pueden vivir desahogadamente el resto de sus vidas y hacer las obras de caridad que el arrepentido capitán les ha encomendado.

— Nominación de las bahías, los golfos, los cabos, los ríos, etc. — La Isla Lincoln.

— Inventario de la caja: utillaje, armas, instrumentos, ropa, libros, utensilios.

— Propuesta de Pencroff y del reportero que no es aceptada.

Dejando a un lado el hecho de que Julio Verne, por razones de espacio o de interés, describa como un gran reto el uso de técnicas muy simples (como la alfarería) y luego pase por encima las dificultades entrañadas por otras más complejas (como la metalurgia), hay en la trama un curioso error referido a las fechas:[2]​ Así, los protagonistas, que viven en 1868 (habiendo llegado a la isla en 1865), se entrevistan con el capitán Nemo, quien (siendo informado de la existencia del libro Veinte mil leguas de viaje submarino) recuerda que «en 1865» embarcó al profesor Aronax y a sus acompañantes en el Nautilus, del que escaparon en 1866; que después el submarino siguió navegando unos años hasta la muerte de sus marineros, y que los últimos seis años había permanecido inmóvil en la isla.

[3]​ Evidentemente, el error se debe a que Julio Verne ha abandonado la perspectiva temporal y se ha situado en la época de sus lectores, que seis años atrás habían leído la novela supuestamente escrita por Aronax.

Dicha novela termina cuando los rescatadores del capitán Grant abandonan a Ayrton en la isla Tabor.

Sin embargo, la novela La Isla Misteriosa también se ubica en la década de 1860.