La LNB Pro A 1998-1999 fue la edición número 77 de la Pro A, la máxima competición de baloncesto de Francia.

La temporada regular comenzó el 5 de septiembre de 1998 y acabó el 8 de mayo de 1999.

Los ocho mejor clasificados accederían a los playoffs, mientras que el Levallois Sporting Club y el Toulouse Spacer's descendendieron a la Pro B.

El campeón sería por quinta vez en su historia el ÉB Pau-Orthez, tras derrotar al ASVEL en la final en dos partidos.

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