[1]​ El diseño final del túnel fue completado mediante un acuerdo de inversión conjunta entre el DMJM Harris y Arup.

Sin embargo, las razones para su retraso son numerosas y complejas.

Originalmente fue propuesta en 1929 como parte de la masiva expansión del Sistema Independiente del Metro (o sus siglas en inglés IND), el trabajo en la línea nunca inició debido a la Gran Depresión que azotaba al estado y al país.

Actualmente, la única opción para el Upper East Side es la línea de la Avenida Lexington de cuatro vías y muy conocida por ser la más atestada del país.

En 1945, la ciudad inició los planes para la construcción de la línea y en ese mismo año compró los prototipos del tren (modelo R11) para usarlos en la nueva línea.

El dinero obtenido en el referéndum de 1967 fue usado principalmente para dar inicio a la excavación del túnel bajo la Segunda Avenida, la cual comenzó en 1972; sin embargo, pocos años después, la ciudad se volvió insolvente.

Debido a la Gran Depresión y el alto costo de la ampliación, el proyecto se volvió inmanejable.

Debido a todo lo ocurrido, se hicieron varios estudios adicionales del plan.

En 1941, cuando Estados Unidos entró en la Segunda Guerra Mundial, se ordenó que todos los proyectos públicos más urgentes e importantes fuesen terminados, provocando que la línea de la Segunda Avenida fuese pospuesta nuevamente.

La línea Pelham cambiaría de rieles para pasar a la división IND/BMT (este plan también incluye otras conexiones, que fueron construidas), y se conectaría con la línea de la Segunda Avenida.

Cada vagón costó $100.000, las formaciones se llamaron coloquialmente "trenes del millón de dólares".

Los vagones se caracterizaban por sus ventanas redondas estilo portilla y un nuevo sistema direccional público.

Este plan fue revitalizado como parte del referéndum aprobado en 2005 para el transporte, en la cual conectaría a las vías de la LIRR con la terminal Grand Central vía el túnel de la Calle 63 como parte del proyecto Acceso al East Side.

Sin embargo, la ciudad empezó a experimentar su peor crisis fiscal.

La línea de la Segunda Avenida se extenderá desde Harlem hacia el distrito financiero y probablemente se le designará la letra T. Sin embargo, es el otro servicio, una extensión propuesta para el tren Q, la que empezará a transportar pasajeros.

La MTA propone construir la línea de la Segunda Avenida en cuatro segmentos con conexiones a las otras líneas.

La línea se construirá con una tuneladora a niveles profundos para evitar la reubicación de los caños de servicios públicos y el método antiguo de "cavar y cubrir" que hace que las calles sean interrumpidas al tráfico, peatones y al comercio.

Sólo las estaciones usarán el método de "cavar y cubrir" para su construcción; sin embargo, se están realizando esfuerzos para minimizar el impacto de esta construcción.

Las nuevas estaciones para la nueva línea de la Segunda Avenida serían las siguientes: Las estaciones del mapa mostrado arriba operarán en la línea de la Segunda Avenida con sus terminales en la calle 125 y Hanover Square.

Además del servicio principal, denominado como el servicio T, una conexión está planeada hacia la línea Broadway, utilizando una conexión existente vía la línea de la Calle 63 BMT, como parte de la primera fase.

Es posible que el servicio Q sea extendido al norte desde la Calle 57–Séptima Avenida, girando al este bajo el Central Park en una parte sin usar de la línea de la Calle 63 BMT.

Una conexión adicional está planeada entre las líneas hacia el Bajo Manhattan (alrededor de la calle 62) y la línea de la Calle 63 IND hacia Queens, según los planes actuales el servicio regular no será necesario.

Justo al norte de la Calle Broome, la línea pasará por un túnel sin uso, o la única parte del Lower Manhattan Expressway en ser construido.