En sus orígenes, la línea 5 prestaba servicio entre la Plaza de Cervantes y las fábricas situadas en la N-II, dirección Guadalajara.

[1]​ Sin embargo este trayecto acabó siendo suprimido, y la línea no se restableció hasta la construcción del Centro Comercial La Dehesa en 1991, siendo llevada al vecino Centro Comercial Quadernillos en 2005, sin cambiar la denominación.

En un comienzo las expediciones partían de la calle San Vidal, en la esquina con la Ronda Fiscal.

Con la construcción del barrio de Nueva Rinconada la cabecera fue trasladada a la calle principal de la misma, Río Arlanza, junto al IES Atenea.

La línea transcurre desde el Barrio del Pilar, en el Distrito II de la ciudad (zona de Nueva Rinconada, calle Río Arlanza) hasta la Plaza de la Paz, junto al Centro Comercial Alcalá Magna.