Educado en diversas escuelas católicas, trabajó como contable, periodista y administrador antes de comenzar su actividad política.
Considerado un agitador por las autoridades coloniales francesas, tuvo que vivir exiliado en Ubangi-Shari (en la actual República Centroafricana) desde 1936 hasta 1946.
Recibió numerosas críticas por considerarse que mantuvo una política tendente a conservar los vínculos del nuevo país con Francia.
Pese a todo ello, ganó las elecciones de 1961 y se convirtió en el primer presidente del Gabón independiente.
Tras fallecer M’Ba en noviembre de ese mismo año, Bongo asumió la presidencia del país.