Comenzó sus servicios en 1883 en el Cuerpo Médico Naval en Hong Kong, donde estudió la malaria y obtuvo su doctorado en 1886 con una tesis sobre esta enfermedad.

También participó en el desarrollo del primer suero inmunizante contra la peste bubónica, en colaboración con el descubridor de su agente etiológico (Yersinia pestis), el bacteriólogo suizo Alexandre Yersin (1863-1943), y viajó a Portugal para estudiar y ayudar en la lucha contra un brote epidémico en Oporto.

En 1895, Roux le confió la dirección de la Oficina del Instituto Pasteur en Lille, donde continuaría su labor durante los siguientes 25 años.

El microbiólogo alemán Robert Koch había descubierto, en 1882, que el bacilo tuberculoso (Mycobacterium tuberculosis) era su agente causal y Louis Pasteur se interesó enseguida por ese descubrimiento.

En 1906, un veterinario e inmunólogo llamado Camille Guérin, había establecido que la inmunidad frente a la tuberculosis estaba en relación con la presencia del bacilo en la sangre.

La atenuación se conseguía cultivando el bacilo en un sustrato que contenía bilis, basándose en una idea aportada por un investigador noruego, Kristian Feyer Andvord (1855-1934).