La película cuenta con la voces de Art Parkinson, Charlize Theron, Matthew McConaughey, Rooney Mara y Ralph Fiennes.

Sin embargo, cuando la campana del pueblo señala el atardecer, Kubo regresa con su madre ya que esta le advierte explícitamente que no se quede fuera después de la oscuridad o las malvadas hermanas de Sariatu y su abuelo, el Rey Luna, los encontrará y se lo llevarán.

Mientras Kubo permanece fuera después del atardecer, las hermanas de Sariatu lo encuentran y lo atacan.

Las hermanas descubren que Kubo está buscando la armadura de su padre, y se separaron para encontrarlo.

El esqueleto los ataca mientras tratan de recuperar la Espada, pero lo derrotan y escapan.

Una de las Hermanas aparece y ataca a Simio, pero ésta se las arregla para derrotarla, aunque queda gravemente herida en el proceso.

En una isla cercana, el trío descansa en una cueva cuando Simio explica con origami usando el shamisen de Kubo que antes de conocer a Hanzo, ella y sus hermanas fueron enviadas para matar a su padre.

Al final, Kubo logra hablar con sus padres, cuyos espíritus aparecen junto a él, mientras pone sus linternas a flote a través de un lago, mientras ve que las otras linternas de los aldeanos difuntos se transforman en cigüeñas y vuelan al mundo de los espíritus hacia el mundo espiritual.

[1]​ Las voces incluyen a Art Parkinson, Matthew McConaughey, Charlize Theron, Rooney Mara, Ralph Fiennes y Brenda Vaccaro.

Esa combinación de animación tradicional y CGI es donde Laika está avanzando más, utilizando a las computadoras como apoyo.