Ingresó a la corte imperial en 1222 con el rango shōgoi inferior y asignado como chambelán, luego en 1223 fue ascendido al rango jushii inferior.En 1237 fue designado sesshō (regente) del joven Emperador Shijō hasta 1242, cuando este abruptamente falleció; Kanetsune mantuvo la regencia como kanpaku de su sucesor, el Emperador Go-Saga; pero por presiones de Saionji Kintsune, fue sustituido por el nieto de este, Nijō Yoshizane, a los pocos días.Kanetsune también ocupó el cargo de Daijō Daijin (Canciller del Reino) durante el reinado del Emperador Shijō entre 1240 y 1241.Cuando Michiie comenzó a perder influencia en la corte en 1247, Kanetsune se convirtió en líder del clan Fujiwara y volvió a la regencia como sesshō del joven Emperador Go-Fukakusa hasta 1252.Tuvo como hijo al regente Konoe Motohira y como hija a Konoe Saishi, consorte del Príncipe Munetaka, sexto shogun Kamakura.