Klaus Hilpert debutó como entrenador de fútbol en 1975 con el VfL Bochum II.
Un año más tarde fichó por el Rot-Weiß Lüdenscheid por una temporada.
Ya en 1978 Hilpert se trasladó a Islandia para fichar por el ÍA Akraness, con el que ganó una Copa de Islandia la temporada de su debut.
De vuelta en Alemania entrenó al TuS Schloß Neuhaus, SG Wattenscheid 09, ASC Schöppingen, Rot-Weiß Oberhausen, y finalmente en 2004 al Fortuna Colonia, último club al que entrenó.
Además llegó a ser el director general del VfL Bochum desde 1987 hasta 2001, y el director deportivo del 1.