Antes de dar el salto a la Universidad de Nuevo México, Kenny estuvo en el instituto en El Paso, Texas, después marchó a Albuquerque, Nuevo México para jugar en el Albuquerque High School durante su temporada sénior.
En la 1998-99, en lo que era ya su temporada sénior con los Lobos, Kenny Thomas cuajó la mejor de sus campañas con 17.8 puntos, 10 rebotes, 2 asistencias, 2.4 tapones y 1.6 robos.
Además, se convirtió en el primer jugador de la universidad en 23 años en promediar un doble-doble y apareció en sus 3 últimas temporadas en el Mejor Quinteto.
También pasó a ser el primer jugador en la Western Athletic Conference en superar los 1.800 puntos, 1.000 rebotes y 200 tapones.
Houston Rockets eligió a Kenny Thomas en el puesto 22 del draft de 1999.
Los Sixers llegaron a las semifinales de conferencia, donde cayeron derrotados por 4-2 ante Detroit Pistons.