Es hijo de una familia cuyos antepasados japoneses llegaron al Perú a inicios del siglo XX.

Su padre, Alberto Fujimori, fue un ingeniero agrónomo, exrector de la Universidad Nacional Agraria La Molina, y expresidente del Perú; mientras que su madre fue Susana Higuchi.

[6]​ En 2016, Fujimori alcanzó la reelección congresal para el periodo 2016-2021 y fue nuevamente el más votado, por lo cual asumió como miembro de la Mesa Directiva de la Junta Preparatoria y tomó juramento a los nuevos legisladores.

Con este logro consiguió que el ala dura del fujimorismo (el albertismo) lo llame a ser el sucesor del partido y ante los continuos fracasos electorales de su hermana, Keiko Fujimori, lideresa de Fuerza Popular quien ha decidido marcar una distancia con su hermano y su padre, al perder protagonismo dentro de su partido y con sus ex-seguidores.

Al no prosperar la vacancia por los diez votos de abstención, el partido fujimorista decidió iniciar un proceso disciplinario contra ellos a inicios del 2018, cuando el congresista Bienvenido Ramírez fue expulsado y en unas horas también Kenji Fujimori,[8]​ los ocho congresistas restantes decidieron renunciar al partido, decisión que ya habían acordado antes si uno de ellos era retirado de Fuerza Popular.