Fue expulsado después de un año por "mostrar muy poca aptitud para el ministerio espiritual"; sus epigramas y chistes, así como sus malas notas, no contribuyeron a su continuidad.

También se opuso al celibato, que en su opinión iba contra la naturaleza y la esencia humana.

[3]​ Karel Havlíček se prometió con Františka (Fany) Weidenhoffrová (1821-1878), de padres alemanes, acomodados.

Se refería específicamente a la novela Poslední Čech (La última bohemia), de Josef Kajetán Tyl.

Havlíček era un "nacionalista liberal", pero se negó a permitir que una "línea de partido" influyera en sus opiniones.

Utilizó gran parte del espacio de sus periódicos para educar a la gente sobre temas importantes, haciendo hincapié en áreas como la economía, que otros escritores nacionalistas descuidaban gravemente.

[11]​ Havlíček buscaba un lugar donde pudiera continuar sus actividades periodísticas burlando el estado de emergencia.

Sin embargo, las autoridades oficiales intentaron complicar su alcance, el editor fue vigilado, sometido a registros domiciliarios, se confiscaron varios números de Slovan y Havlíček fue llevado ante los tribunales por violar la Ley de Prensa, lo que Havlíček comentó en Slovan con su característico humor.

Planeaba publicar publicaciones no periódicas (que no estaban sujetas a las mismas leyes estrictas que los periódicos y revistas); Para tener seguridad material quería alquilar y gestionar alguna finca (pensaba alquilar una finca en los terrenos de Karel Chotek, la familia Waldstein o la familia Silva-Taroucs, en Čechy pod Kosířem).

Sin embargo, aparentemente al emperador no le pareció suficiente esta importante ciudad y eligió la remota Brixen, en lo que entonces era Tirol del Sur.

[15]​ Acompañado por otros tres agentes de policía, fue trasladado en una diligencia rápida a Brixen.

En Brixen, Havlíček se alojó inicialmente en el hotel Zum Elephanten, donde rápidamente conoció a otros exiliados: Johann Alois Schallhammer, participante en la revolución de 1848, y el oficial Rudolf Hebre, que se encontraba allí debido a unas deudas.

[17]​ Sin embargo, Havlíček tuvo que gastar aproximadamente la misma cantidad de sus propios ahorros, como se quejaba en una carta a Adolf Maria Pinkas.

La tuberculosis de Julie empeoró y, además, sus padres querían que Zdeňka fuera a la escuela en la República Checa.

Después de regresar del exilio, Havlíček se encontró sin trabajo y sin recursos económicos.

[17]​ Cinco días después, Havlíček murió en el apartamento de su cuñado František Jaroš,[nota 2]​ en la misma cama que su esposa Julie un año antes.

Después del funeral, Josef Němec fue condenado por este hrcho a ocho días de prisión.

En su visión de la economía, Karel Havlíček Borovský defendía la posición del liberalismo clásico.

Estaba a favor del libre comercio, en contra de los aranceles y rechazaba el papel moneda sin respaldo.