En 1981 se integra en el comando legal Baratza, participando en atentados con explosivos contra torretas y transformadores eléctricos en Navarra.

En 1992, se detecta su presencia en el comando Madrid, al que se le atribuyen los siguientes atentados: En 1993 huye con Anboto a Francia tras detectar que las Fuerzas de Seguridad están tras ellos.

En 1996 pasa a ser el máximo jefe del aparato militar de ETA.

Durante el tiempo que cumplió condena en Francia, Kantauri ya pudo responder en parte ante la justicia española, pues fue entregado temporalmente a España en 2001 y 2002, siendo el primero de los etarras en inaugurar el mecanismo de entrega temporal de delincuentes que Francia y España habían acordado en una cumbre celebrada en 2001.

Fuentes penitenciarias aseguran que la influencia mutua entre Kantauri y los otros etarras recluidos en Puerto III era negativa para ambas partes.