Limita con los estados malasios de Sabah al norte y Sarawak al oeste, y con la provincia indonesia de Borneo Oriental al sur.
Comprende un área de 72 275,12 kilómetros cuadrados.
[3] El aeropuerto de Tarakan en la isla del mismo nombre sirve a la provincia, así como un puerto internacional de ferry con servicios a Malasia desde Tawau.
No hay ningún puente internacionales terrestres - la entrada a la parte continental de la provincia es por ferry desde Tarakan o por carretera desde el sur.
Kalimantan Septentrional está dividido en cuatro regencias (kabupaten) y una ciudad (kota):