Kalayaan tiene forma rectangular, teniendo un suelo accidentado en el lado este, y más plano hacia el oeste.

Las mayores elevaciones van de 400 a 418 metros.

Aproximadamente tres cuartos del territorio se encuentra a más de 300 metros por sobre el nivel del mar.

Los puntos más bajos son de entre 5 y 20 metros, en la parte oeste del municipio, hacia la Laguna de Bay.

Kalayaan se divide políticamente en 3 barangays: Longos, San Antonio y San Juan.