Jugó para los equipos New England Patriots, San Diego Chargers y Miami Dolphins.

Fue adquirido en la primera ronda del draft de 1990 por los San Diego Chargers, equipo en donde fue un jugador muy popular, logrando participar en 12 Pro Bowls.

[1]​ Cuatro días después volvió, firmando un contrato de suma desconocida con los New England Patriots.

[3]​ Los Patriots lograron llegar al Super Bowl XLII, el cual perdieron ante los New York Giants.

Junior Seau es considerado uno de los mejores jugadores que jamás ganó un Super Bowl.