Está situada sobre el curso medio del río Wisconsin.

[2]​ Junction City se encuentra ubicada en las coordenadas 44°35′44″N 89°46′11″O / 44.59556, -89.76972.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, Junction City tiene una superficie total de 4.06 km², de la cual 4.04 km² corresponden a tierra firme y (0.51%) 0.02 km² es agua.

[3]​ Según el censo de 2010,[4]​ había 439 personas residiendo en Junction City.

De los 439 habitantes, Junction City estaba compuesto por el 92.48% blancos, el 0.23% eran afroamericanos, el 0.23% eran amerindios, el 4.1% eran asiáticos, el 0% eran isleños del Pacífico, el 1.37% eran de otras razas y el 1.59% pertenecían a dos o más razas.