Administrativamente, el río discurre íntegramente por el estado de Wisconsin —condados de Wood, Grant, Lincoln, Sauk, Columbia, Portage, Oneida y Marathon—y es el más largo del estado.

El nombre del río, recogido por primera vez en 1673 por el explorador francés Jacques Marquette como «Meskousing», se basa en las lenguas algonquinas utilizadas en la región por las tribus indias, pero su significado original no se conoce.

Los exploradores franceses que siguieron más tarde la senda de Marquette cambiaron el nombre a «Ouisconsin».

En este lugar los ríos Wisconsin y Fox están a sólo unos 3,2 km, por lo que los exploradores pudieron hacer el portage del río Fox al río Wisconsin.

Luego siguieron las 320 km hasta la boca del Wisconsin y llegaron al río Misisipi el 17 de junio.

Las represas también impulsaron el turismo, creando embalses como el lago Wisconsin, áreas muy populares para la navegación de recreo y la pesca.

A pesar de ello, unos 150 km del tramo entre la boca y la presa hidroeléctrica en Prairie du Sac están libres de toda presa o barrera y las aguas discurren con relativa fluidez.

El proyecto de Vía Fluvial del Bajo Wisconin (Lower Wisconsin River State Riverway) es un proyecto financiado por el estado destinado a proteger ese tramo.

Muchas de las comunidades a lo largo del río Wisconsin se enumeran a continuación; la mayoría tienen un significado histórico o tradición cultural que las relaciona con el río.

Están secuenciadas desde el nacimiento del río hasta su final y los habitantes corresponden todos al censo de 2010.