Realizó amplios estudios sobre la conciencia y su aparición en la sociedad, los cuales planeó publicar en cinco libros; sin embargo sólo aparecieron tres, integrados en un único volumen: El origen de la conciencia en la ruptura de la mente bicameral.
Desde su aparición, no dejó de levantar controversia en el mundo científico y académico.
En dicho libro, analiza el problema de la conciencia humana y esboza una historia de ella, basándose en estudios neurológicos y arqueológicos.
Según sus hipótesis la conciencia humana, tal como la interpretamos en nuestros días, no proviene de la evolución animal, sino que es un proceso aprendido y consolidado en los últimos tres mil años.
Después de la muerte de Jaynes, la Julian Jaynes Society retomó y estimuló dichos estudios.