Al derrumbarse la monarquía amadeísta y después la República, San Miguel reconoció la Restauración borbónica.

Fue, brevemente, director general de Beneficencia, Sanidad y Establecimientos penales.

Ya en el régimen de la Restauración, volvería a ser elegido diputado a Cortes por Avilés, en los comicios celebrados entre 1879 y 1905.

Estuvo vinculado a la construcción del ramal del ferrocarril a Avilés, que fue inaugurado en 1890.

Su padre había sido uno de los más pujantes armadores y comerciantes de Avilés, y a su muerte heredó también sus negocios.