Era sobrino del químico francés Théophile-Jules Pelouze (1807-1867), e hijo de un médico.

Luego de conocer a Émile Blanchard (1819-1900) se convirtió en su discípulo y secretario privado.

En 1866, publicó su primera memoria que era sobre la anatomía de los hemípteros.

En 1891 fue ampliamente notificado, pero erróneamente, informando que Kunckel d'Herculais había sido asesinado y comido por un enjambre de langostas en Argelia.

La abreviatura Kunckel Dherculais se emplea para indicar a Jules Künckel d'Herculais como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.