En el último año de su mandato perdió La Habana en la invasión británica en la isla.
Juan de Prado y Malleza nació en León, España.
El 7 de febrero de 1761, se iniciaron las primeras obras para fortificar "La Cabaña", con vistas a la bahía, y el principal Castillo del Morro.
Ese mismo año, la ciudad fue golpeada por una epidemia de fiebre amarilla que causó numerosas víctimas entre la población urbana.
Juan de Prado y las tropas españolas que sobrevivieron fueron trasladados a España.