Y es que se había convertido en un destacado artífice de la evangelización mexicana y californiana, lo que le llevó a ser considerado la persona idónea para poner en marcha la nueva Diócesis Venezolana.
El Obispo destinó para sede temporal del Seminario el Convento de los Padres Franciscanos, que se hallaba desocupado.
Dos meses después de su creación, el Seminario contaba ya con 42 estudiantes, según consta en una carta dirigida al Rey por el Obispo.
Este fue un espléndido comienzo que hizo concebir al Obispo Lora la idea de levantar un edificio propio.
Todas sus peticiones fueron concedidas y para junio de 1790 el edificio ya estaba terminado.
[3] En Mérida se encuentra el obispo con una situación de deterioro que se reflejaba en la insuficiente preparación del clero, su concentración en las áreas urbanas, con el consecuente abandono de las zonas rurales, y una evidente afinidad a los negocios terrenales; la raíz del problema se encontraba en el aislamiento de la provincia y la distancia que la separaba de Caracas, a cuyo obispado perteneció hasta 1784, más en teoría que en la realidad.
Las reformas efectuadas en Mérida aún influyen en las características culturales de la ciudad.