Adquirió un destacado reconocimiento como "niño prodigio" en la interpretación del piano, y también como compositor, ya que en 1822, a los 14 años, compuso una colección de piezas para piano.
Salvo esta emigración inicial, Juan Pedro Esnaola transitó durante sus casi setenta años de vida sin que los embates políticos le hicieran mella.
En 1860 Esnaola realizó modificaciones a la música del Himno Nacional Argentino, otorgándole una versión con más orquesta, que le dio mayor riqueza en su armonía.
Sus dotes de instrumentista unidas a su formación europea le permitieron destacarse con facilidad, interviniendo en memorables conciertos junto a celebridades de la época.
Su principal mérito radicó en que, sin escapar de la influencia de Rossini, imprimió en sus partituras características locales que constituyen un verdadero antecedente del nacionalismo y romanticismo musical argentino.
Esta última respondía a los más estrictos dictados de la moda de la época, y se centraba en la danza , aunque también era costumbre escuchar intermedios y fragmentos instrumentales.
Esta versión está hoy depositada en el Museo Histórico Nacional, en Buenos Aires, y formaba parte del álbum de música de su discípula Manuelita Rosas.
En 1860 efectúa una revisión que es declarada versión oficial por el gobierno argentino en 1928.
Lamentación segunda del Jueves Santo a solo de tenor (ca.
Misericordia Domini, lamentación a cuatro voces con acompañamiento de orquesta para Viernes Santo (13-03-1835).
Dedicatoria: a la memoria de su madre, Josefa Teresa de Picasarri, 3 misas: Misa a tres voces para contralto, tenor y bajo (1824).
Himno Nacional Argentino, arreglo por D. Juan P. Esnaola de la música del Maestro Blas Parera para canto y piano (1860).
Existe una versión anterior a dos voces para el álbum de Manuelita Rosas (1847-1849) etc.
Piano: Siete Contradanzas (1832), una Cuadrilla (1842), catorce Minués, cuatro Polcas y diecisiete Valses, entre otros.
Se destaca el Minué Federal o Montonero (1845) por su desarrollo formal, carácter nacional y virtuosismo.