[11]​ El día del fallido viaje hacia Estados Unidos, el grupo criminal Los Pepes (Perseguidos por Pablo Escobar), los esperaban a las afueras del aeropuerto para matarlos, por lo que Juan Pablo, acorralado y en una jugada magistral, tuvo que contratar de último momento, los servicios de un helicóptero privado para regresar a Medellín a reunirse de nuevo con sus padres y poner a salvo su propia vida y la de las personas con las que viajaba.

Mientras tanto, Pablo Escobar estaba haciendo intentos para restablecer contactos con el Gobierno Colombiano para negociar una segunda entrega, por lo que solicitó protección a la fiscalía para su familia en un edificio al que se trasladaron bajo la protección de dicho ente del Estado, Juan Pablo, su novia, su hermana y su madre.

Estando en este edificio, la fiscalía presionaba con retirarles la protección si el padre no se entregaba pronto, además, Los Pepes les hicieron varios atentados, por lo que ante un inminente riesgo de muerte, planearon su salida hacia Alemania.

"Minutos después de ese comentario, se arrepintió, pues se puso a reflexionar en que no quería tomar el camino equivocado de su padre, que muchas veces le reprochó por toda la violencia desatada.

Llamó al periodista Yamid Amat y pronunció las siguientes palabras: "Quiero personalmente dejar muy en claro que no vengaré, no vengaré la muerte de mi padre porque ahora lo único que me preocupa es el futuro de mi sufrida familia.

Juan Pablo Escobar fue citado a una reunión con el Cártel de Cali y Los Pepes en la que lo estaban citando para matarlo y que no debía faltar, en un principio Juan Pablo se negó ya que por su instinto de supervivencia no se lo permitía, pero un allegado de sus enemigos heredados de su padre le dijo: "¡Oye, tú deberías ir a ese reunión, no sabes y no estás entendiendo lo que pasa!

[20]​ Finalmente se instalaron en Argentina, donde tuvieron varios problemas legales que después lograron resolver.

[23]​ En 2014 y 2016, Editorial Planeta Colombia publicó sus libros Pablo Escobar, mi padre: Las historias que no deberíamos saber y Pablo Escobar In Fraganti: Lo que mi padre nunca me contó.

[29]​ Juan Pablo Escobar Henao, también se dedica a brindar conferencias por todo el mundo, llevando a los jóvenes un mensaje de paz y hablando sobre el narcotráfico y sus terribles consecuencias.