Desde 1985, ha colaborado con organismos de representación empresarial[1]​ y dirigió la Confederación Patronal de la República Mexicana (2012-2015) y el Consejo Coordinador Empresarial (2015-2019).

Originario de Los Mochis, Sinaloa, Juan Pablo Castañón estudió la licenciatura en Actuaría en la Universidad Anáhuac del Norte y más tarde realizaría estudios de posgrado en el Instituto Tecnológico Autónomo de México para titularse como Maestro en Administración de empresas.

[2]​ En 1987 inició su carrera empresarial al fundar Almacenes Muebleros de Los Mochis, y desde entonces se ha encargado de dirigir empresas de distintos giros como Almacenes El Faro, donde fue socio desde el año de 1991; Campo J y F, empresa que fundó en el 2004 e Industrias Vepinsa, empresa dedicada a la biotecnología, donde ha sido presidente de desde el año 2006.

En noviembre del 2012 tomó protesta como Presidente Nacional de COPARMEX, siendo reelegido durante el siguiente periodo.

[3]​ En diciembre del 2015, Juan Pablo Castañón tomó protesta como el nuevo titular del Consejo Coordinador Empresarial (CCE), organismo de representación e interlocución del sector empresarial de México.