También cabe mencionar que es el hermano menor de Sebastián Cobelli también jugador de fútbol quien fue su representante Comenzó en las juveniles del Club Atlético Newell's Old Boys y debutó en el 2007.

Finalmente la espera dio frutos y se convirtió en el goleador del equipo.

Tras pocas oportunidades de jugar en Newell's en el 2010 parte nuevamente a Chile pero esta vez al Deportes Iquique donde volvería a ser dirigido por Gustavo Huerta.

Luego de ser campeón de la copa Chile y lograr la participación en la Copa Bridgestone Sudamericana y lograr el ascenso con los dragones, volvió a Newell's, club que lo vio nacer.

[1]​ Luego de su gran actuación al ser uno de los goleadores del certamen 2014 del fútbol ecuatoriano (14 tantos), Juan Manuel Cobelli renovó con Deportivo Cuenca, siendo así el único refuerzo extranjero renovado por los morlacos.