Al estallar la Guerra Civil, su familia, católica y conservadora se marchó de Oviedo al Occidente de Asturias, buscando refugio.
Al concluir la contienda, Juan Luis realizó el bachillerato en el Colegio Hispania, de Oviedo.
En enero de 1954 entró en el Seminario de Oviedo y se ordenó sacerdote en 1961.
Después, amplió estudios en Roma, en la Universidad Gregoriana, donde tuvo como maestro al jesuita Juan Alfaro Jiménez.
También estudió en el Pontificio Instituto de Música Sacra, especializándose en piano y órgano.