Fue en este pequeño equipo de cantera donde ojeadores del Cádiz CF se interesaron por él, y lo incorporaron a sus categorías inferiores.
Al año siguiente, ahora en Primera División, disputó 35 partidos y marcó dos goles, que no fueron suficientes para evitar el descenso de categoría.
La primera temporada en el Real Madrid vistió la camiseta merengue en 31 partidos en Liga, además de la Copa del Rey y la Recopa.
Al finalizar el contrato con la entidad madrileña, Ramón Mendoza, que había tomado la presidencia decidió no renovarlo.
La presión popular pudo, y Manuel Irigoyen reincorporó a Juan José, con un contrato por dos temporadas, que se iría prolongando en el tiempo.
Estuvo a punto de firmar por el CA Marbella, que aquel año jugaría en Segunda División, pero finalmente la operación no se realizó.