Se afilió al Partido Popular (PP) en 1993[4] y fue responsable de Economía en la Asesoría Parlamentaria del Grupo Popular del Congreso (1993-1996).
Tras la victoria electoral del Partido Popular, se incorporó al Ministerio de Economía y Hacienda bajo el mandato de Rodrigo Rato.
[14] En octubre de 2013 fue imputado por delitos de cohecho y prevaricación junto con Manuel Lamela,[15] querella que ha sido archivada al considerar el tribunal que «no está debidamente justificada la perpetración de los delitos».
[16] En 2019, en el contexto de la instrucción de la macrocausa del caso Púnica, Güemes fue imputado por la Audiencia Nacional por irregularidades en la financiación del PP.
[17][18] Está casado con Andrea Fabra, política del PP.