Comenzó sus estudios primarios en 1949 y los secundarios en 1957, saliendo bachiller en su ciudad natal el año 1960.

Juan Javier Zeballos, comenzó su carrera periodística en el diario "Presencia".

Seguidamente trabajó para la Agencia Reuters durante 25 años en diferentes lugares de América Latina.

Dejó Reuters para retornar a su país de origen, donde ejerció el cargo de subdirector de los periódicos "La Razón" y "Última Hora" y Editor General del diario "El Mundo".

Juan Javier fue director Ejecutivo de la Fundación para el Periodismo en Bolivia, desde donde ayudó a organizar conferencias sobre periodismo y fue coautor del programa para el curso de post grado de "Diplomado en Periodismo" de la Universidad Andina Simón Bolívar.