Juan Ignacio Flores Mogollón fue un militar español que estuvo a cargo del gobierno de Santa Fe de Nuevo México entre 1712 y 1715, en sustitución de José Chacón Medina Salazar y Villaseñor.
Flores Mogollón ingresó en el ejército español en su juventud, donde destacó, logrando el título de Oficial.
[1] Su salario, que había sido fijado por el rey, era de dos mil pesos anuales.
Durante el primer año que administró el territorio, estalló una revuelta de los indios jumanos contra el gobierno de Nuevo México en El Paso.
El juicio finalmente se llevó a cabo en Santa Fe, Nuevo México en 1721, cuando Mogollon ya no vivía allí.